Ziekenhuisapothekers doen van oudsher veel wetenschappelijk onderzoek naar de optimalisatie, het effect en het gebruik van geneesmiddelen. De laatste jaren heeft het onderzoek steeds meer een integrale benadering gekregen. Volledig bekeken vanuit het belang van patiëntenzorg probeert men een brug te slaan tussen de praktijk en onderzoeksactiviteiten. Dankzij de inzet van NVZA zijn de onderzoeken zijn nu meer gericht op processen, preventief werken, samenwerking met andere disciplines en de rol van de patiënt zelf.

De NVZA stimuleert, bewaakt en evalueert de kwaliteit van het wetenschappelijk onderzoek van de ziekenhuisapothekers (al dan niet in opleiding):

• Het onderzoek is een verplicht onderdeel van de opleiding tot ziekenhuisapotheker.
• Aan de verschillende universitaire centra zijn hoogleraren ziekenhuisfarmacie verbonden.
• De leden publiceren regelmatig artikelen in geïndexeerde tijdschriften.
• Een groeiend deel van de leden promoveert.
• Er worden  wetenschappelijke vergaderingen belegd waarin ziekenhuisapothekers in opleiding hun onderzoek presenteren in het kader van de registratie tot ziekenhuisapotheker.
• Tijdens de jaarlijkse ziekenhuisfarmaciedagen wordt er aandacht gegeven aan het wetenschappelijk onderzoek binnen de ziekenhuisfarmacie.
• De NVZA looft een aantal prijzen uit om wetenschappelijk onderzoek en innovatie  te belonen en daarmee te stimuleren en te promoten.
• Leden delen de best practices via het kennisplein onder de beroepsgroep.